あさみんさんの仰るように、特定の閉所に入った時にお子さんが感じ取っている「何か」があるのだと思います
原因になりそうなもので僕が聞いたことのあるものだと
・学校やスーパーなどの個室の匂いが嫌
・ドアをしめると暗くなるのが怖い
・便座がつめたくて使いたくない
・狭くて閉じ込められたような感覚が嫌
・用をたしている間、動けなくて逃げられないから怖い
・音がシーンとしていて怖くなる
・トイレやエレベーターの怖いシーンを過去に見た
といったものがあります。これらが複数当てはまってる事も多いです。
感覚過敏があるとのことなので、光・匂い・音・温度などの変化に不快感を覚えていそうですね。
「家の部屋ではYoutubeかテレビがあると大丈夫」ということなので、人の声がしない空間に、何とも言えない恐怖を感じるのかもしれないですね。
めっちゃ話ズレるんですが、妖怪伝承で妖怪が出没する場所を分類していくと、そういう「人気のない空間」ばかりなんですよ。
人の暖かみを感じる光の世界と、それらを感じなくなる闇の世界の「境界」に、人間は恐怖心を抱きやすいんです（夜の学校とか廃墟とか村の端の朽ちた神社とか）
そうした「雰囲気の変化」に敏感なのかもしれないですね
現代人は失ってる感覚ですが、昔は敏感に持っている人も多かったそうです。
支援方法としてはスモールステップで徐々に慣れていくというものが効果的です。
中まで一緒についていく
↓
ドアを少し開けて外で待つ
↓
ドアを閉めて外で待つ
↓
声は届くところで待つ
↓
声はかけずに出てすぐのところで待つ
など学校などのトイレに慣れるまで繰り返していきます。学校の支援の先生がどこまでやってくれるかは未知数なのですが、急いで無理強いすると膀胱炎や夜尿症などの二次障害に発展することもあるので、本人のペースでゆっくりと安心できる環境作りをしてあげてください(о´∀`о)